胃から届けられた物質を必要な栄養素と要らない物に分類するのが小腸です。この器官のバランスに変化が現れると上記の分類に支障を来たします。下痢や腹痛、腹鳴などは栄養素と要らないものが混ざってしまったためと、東洋医学では考えられています。消化がちゃんと行われないと、その消化できなかったものによって下痢を招くとされます。また排尿痛やその熱感、尿の混濁や変色などは熱が小腸に生じて起こることもあります。

小腸から届けられた物質から更に水分を取り込み、大便として届けるのが大腸です。この器官にバランスの変化が生じると、上記の過程がうまく運ばなくなります。便秘は、大腸自体の機能が低下していたり、不十分な津液、熱の発生などによって便を届けられないことが原因になることもあります。また高度な下痢などは大腸の冷えが原因になることもあります。更に脱肛や血便、大便失禁等を招くこともあります。